Estadística genómica orientada a la predicción funcional de proteínas

Estadística genómica orientada a la predicción funcional de proteínas

Autor / Author: Lliliana López Kleine
Editorial / Publisher: Universidad Nacional de Colombia
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Código9789587612561
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Tipo: Libro impreso / Print book

Tamaño / Size: 16.5 x 24 cm

Páginas / Pages: 128

Resumen / Summary:

Autor / Author: Lliliana López Kleine
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Tabla de contenido / Table of contents:

Introducción a la serie

1. La estadística genómica: una herramienta para la comprensión de los sistemas biológicos
Liliana López Kleine

1.1. Introducción
1.2. En el umbral de la estadística y la biología
1.3. Conclusiones y perspectivas

2. Utilidad de los análisis descriptivos multivariados para inferir la función de proteínas a partir de datos genómicos

Liliana López Kleine, Luis Eduardo Üspina Forero, Fabio Hernán Tejedor

2.1. Introducción
2.2. Análisis en componentes principales (PCA)
2.2.1. Aplicación, generación de una matriz de adyacencia vía PCA
2.3. Métodos Kernel: kernel PCA
2.3.1. Kernel
2.3.2. Kernel componentes principales
2.4. Aplicación
2.4.1. Proyecciones lineales
2.4.2. Proyecciones no lineales
2.4.3. Consideraciones

3. Construcción y utilización de perfiles filogenéticos para la determinación de función de proteínas
Nicolás Molano González, Diego Craves Moreno


3.1. Introducción y definiciones
3.1.1. Perfiles filogenéticos
3.2. Perfiles filogenéticos, evolución y función biológica
3.2.1. Similitud entre perfiles
3.2.2. Cantidad de organismos usados en la construcción de los perfiles
3.2.3. Función protéica
3.3. Anexo. Script Perfiles

4. Determinación de la expresión diferencial entre dos condiciones de micro arreglos usando como información auxiliar otros datos genómicos

Victor Andrés Vera Ruiz

4.1. Introducción
4.1.1. Datos y análisis de micro arreglos
4.1.2. Métodos estadísticos basados en microarreglos
4.1.3. Ejemplo de análisis de microarreglos: Leishmania sp
4.1.4. Utilización de información auxiliar para detección de genes diferencialmente expresados en Leishmama sp
4.2. Metodología y resultados
4.2.1. Aplicación de métodos consultados
4.2.2. Métodos alternativos (incorporación de información auxiliar)
4.2.3. Construcción de una base de datos de microarreglos y datos genómicos
4.2.4. Construcción de Kernels
4.2.5. Determinación de diferencias significativas en la expresión génica entre amastigotes y promastigotes
4.3. Resultados y discusión
4.4. Conclusiones y trabajo futuro

5. Estrategia de análisis de sensibilidad de los datos genómicos utilizados en algoritmos de predicción de proteínas
Piedad Castro Torres Natalia Rojas-Perilla

5.1. Introducción
5.2. Datos de micro arreglo
5.3. Algoritmo
5.3.1. Exploración de distancias en el análisis en componentes principales
5.3.2. Selección de condiciones
5.3.3. Análisis global
5.3.4. Análisis local
5.4. Discusión

6. Métodos computacionales para predicción de plegamiento de proteínas
Daniel Restrepo, David Becerra, Luis Fernando Niño

6.1. Introducción y aplicaciones
6.2. Fundamentos fisicoquímicos
6.2.1. Estructuras de proteínas
6.2.2. Modelos de plegamiento
6.3. Métodos de predicción de plegamientos
6.3.1. Modelos comparativos
6.3.2. Hilamientos
6.3.3. Abinitio
6.4. Métodos de predicción de estructura
6.4.1. Estructura primaria
6.4.2. Estructura secundaria
6.4.3. Estructura terciaria
6.5. Conclusiones y perspectivas

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